W związku z art. 69 ust.1, pkt 3 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 roku o finansach publicznych (Dz. U. Nr 157, poz.1240 z późn. zm.), w oparciu o standardy kontroli zarządczej dla sektora finansów publicznych wprowadzone Komunikatem Nr 23 Ministra Finansów z dnia 16 grudnia 2009 r. (Dz. Urz. MF Nr 15, poz. 84) w Powiatowej Stacji Sanitarno – Epidemiologicznej w Sopocie funkcjonuje system kontroli zarządczej, która stanowi ogół działań podejmowanych dla zapewnienia realizacji celów i zadań w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy. Zadania związane z kontrolą zarządczą w Powiatowej Stacji Sanitarno-Epidemiologicznej w Sopocie są wykonywane w oparciu o opracowane zarządzenia, regulaminy, monitoring mierników obrazujących realizację zadań itd. czyli o istniejący system zarządzania jednostką. Państwowy Powiatowy Inspektor Sanitarny w Sopocie pełniący jednocześnie funkcję Dyrektora Powiatowej Stacji Sanitarno – Epidemiologicznej w Sopocie ponosi odpowiedzialność za funkcjonowanie kontroli zarządczej w sposób dający rozsądne zapewnienie, że:

1) funkcjonowanie PSSE jest zgodne z przepisami prawa, przyjętymi zarządzeniami, procedurami i regulaminami,

2) działania PSSE są prowadzone skutecznie i efektywnie a plan, programy, zamierzenia i cele są osiągane,

3) sprawozdania i inne informacje publikowane lub udostępniane są dokładne, wiarygodne i aktualne,

4) zasoby PSSE są dostatecznie chronione, zabezpieczane i nadzorowane,

5) przestrzegane i promowane są zasady etycznego postępowania,

6) zapewniono skuteczny i efektywny przepływ informacji,

7) przygotowano i wdrożono system zarządzania ryzykiem.

Za kontrolę zarządczą w Powiatowej Stacji Sanitarno – Epidemiologicznej w Sopocie odpowiedzialni są także:

1) główny księgowy,

2) kierownicy komórek organizacyjnych w zakresie swoich kompetencji w odniesieniu do komórek którymi zarządzają,

3) pracownicy zajmujący samodzielne stanowiska pracy w zakresie swojej pracy,

4) pozostali pracownicy.

Zakres przedmiotowy i podmiotowy odpowiedzialności wynika z zadań określonych w regulaminie organizacyjnym WSSE, zakresów obowiązków uprawnień i odpowiedzialności oraz udzielonych upoważnień.